手术显微镜最先使用于耳科，目前应用最多的仍是对耳病的诊断、治疗及耳手术方面，以后相继应用于鼻科、咽喉科。主要应用范围如下：

1、耳科应用：应用于鼓膜切开、置管，中耳病变清除剂听力重建，外、中、内耳畸形、良恶性肿瘤、外伤等耳部疾病的诊断及手术;

2、喉科应用：应用于声带息肉，小结，囊肿，良恶性肿瘤，外伤，瘢痕狭窄等喉部疾病的诊断及手术;

3、鼻部应用：使用于鼻内及邻近区域病变的手术。